علت اصلی مسمومیت با قارچ ناتوانی در تشخیص قارچ های خوراکی و سمی، تهیه نامناسب ظروف از برخی قارچ های خوراکی و همچنین جهش های احتمالی قارچ های خوراکی است. حتی قارچ های خوراکی نیز می توانند باعث مسمومیت یا ناراحتی های گوارشی شوند.
اغلب این به دلیل مصرف قارچ های قدیمی است که همراه با مواد مفید حاوی محصولات تجزیه پروتئین است. قارچ ها می توانند در شرایط نامساعد محیطی خواص سمی به دست آورند. بنابراین، قارچ‌ها در نزدیکی شرکت‌های صنعتی و بزرگراه‌ها، جیوه، سرب، کادمیوم و سایر فلزات سنگین را در غلظت‌های بالا انباشته می‌کنند.
علت مسمومیت با قارچ های خوراکی می تواند نگهداری نامناسب آنها باشد. قارچ طلایی غذای فاسد شدنی هست، بنابراین یک ظرف قارچ را فقط در صورتی می توان روز بعد بعد از پخت مصرف کرد که در ظرفی که خوب بسته شود و سرد نگه داشته شود.
علاوه بر این، مسمومیت با قارچ می تواند در اثر تهیه نادرست ایجاد شود. قارچ‌های خوراکی مشروط مانند قارچ‌های شیری، ولنوشکی، والویی را نمی‌توان بدون درمان خاص (خیساندن طولانی‌مدت با تغییرات متعدد آب و سپس نمک زدن با 6 هفته قرار گرفتن در معرض) مصرف کرد.
ترشی و نمک زدن قارچ در ظروف آلومینیومی یا روی به شدت ممنوع است. این می تواند باعث مسمومیت شود.فلای آگاریک رایج ترین قارچ غیر خوراکی است. رنگ خاصی دارد و نمی توان آن را با قارچ خوراکی اشتباه گرفت.
انواع زیادی از فلای آگاریک وجود دارد و همه آنها سمی هستند. قارچ های گروه فلای آگاریک باعث مسمومیت خفیف می شوند و در برخی موارد به خصوص در کودکان می توانند کشنده باشند. اثر سمی آگاریک مگس قرمز به دلیل وجود آلکالوئید موسکارین در بافت آن است.
مسمومیت اولیه با این قارچ در مسمومیت شدید بیان می شود. پس از 1-2 ساعت استفراغ، سرگیجه، درد معده و عرق سرد ظاهر می شود. اگر مسمومیت خفیف باشد، پس از 2-3 روز بهبودی رخ می دهد.
